Напишите функцию или метод какого нибудь класса-хелпера, который будет проверять по id раздела, есть ли внутри его подразделы, например так
function isChildSections($sectionId)
{
$sectionIterator = \CIBlockSection::GetList(
['ID' => 'ASC'],
[
'SECTION_ID' => $sectionId
],
false,
['ID'],
[
'nTopCount' => 1
]
);
return (bool) $sectionIterator->SelectedRowsCount();
}