Используйте
veracrypt, насколько я понимаю, это лучший из наследников truecrypt. В списке совместимых платформ числится и windows и linux. В случае если не получится настроить бутлоадер с переключением ОС, создаете отдельные загрузчики для каждой из систем на своем диске(тупо дефолтно с веракрипт устанавливаете первую ОС на свой раздел, затем вторую на другой раздел), после чего третий раздел, в котором с помощью
easyBCD можно будет создать бут-меню, загружающее тот или иной раздел.
