- Странно, а у меня ничего не исчезает, добавил и canvas свой, и строки все раскомментировал:

- Хотя да, в нужных местах z-index прописал, да кое-что подкорректировал под ситуацию.
Например канвас масштабируется колесом мыши отдельно от svg...

Убрать лишние чилдры, а вот здесь вставить маржу:

&-item {
		flex-direction: column;
		border: 1px solid gray;
		box-sizing: border-box;
		padding: 10px;
    margin: -.5px; /* каждый margin будет съедать по пол-пикселя у соседнего блока */
   }

Результат:
Если же толщину border-а придётся менять чаще, то значение толщины вывести в переменную,
как подсказал Андрей Федоров и маржу высчитывать через calc() автоматически.
В моём случае маржа всего одна и равна она половине бордера...

Если надо на чёрном фоне, то вот:

Всё-таки придётся пройти по ссылке, иначе не видно...
Да и вопрос не совсем понятен, ведь по вашей ссылке уже всё есть. нужно лишь поэкспериментировать и всё.

Способы анимации:

animation: animation linear 1s 0s infinite;
 /* linear | ease-in | ease-out | ease-in-out | cubic-bezier(x1,x2,x3,x4) */

Взял отсюда