Если я ничего не напутал и Вас понял правильно, то можно..
Алгоритм действий будет примерно такой:
- создать сущности для таблиц из БД
- установить и прописать их связи между собой
- Проверить
- Повторить )
UPD:
Я тут подумал..
Если всё равно надо будет находить и устанавливать связи между собой, то как вариант можно "сгенерить БД из Доктрины" и залить данные из старой базы.