у вас наблюдается некоторая "каша"
в новой Ubuntu появилась свежая система для работы с сервисами - systemd, она пришла на смену старой системе init (подробнее можно почитать например
здесь)
systemctl - одна из утилит для работы с демонами
sudo systemctl enable lighttpd
- добавляет сервис в автозапуск, то же самое, но disable - отключает автозапуск
для старта демона вручную используете
sudo systemctl start lighttpd
sudo update-rc.d -f lighttpd remove
и
sudo service lighttpd start/stop
относятся к "старой" системе запуска демонов - init
используйте только systemctl, и все будет хорошо