Оба представленных варианта не нравятся, сорри.
Предлагаю 2 сервера под виртуализацию (xeon e5х2 64Гб) и 1 физический (xeon e3 16 Гб), конфигурация приблизительная, Вы нигде не указываете данных по производительности.
1-й сервер хост VM:
а. SQL сервер
б. терминальный сервер
в. Сервер печати, TFTP
г. WSUS
2-й сервер хост VM:
а. терминальный сервер
б. файлопомойка
в. WDS
г. контроллер домена
3-й сервер - контроллер домена, бекап.
Виртуальные машины реплицировать с сервера на сервер.
Ответы на вопросы:
1. Неизвестно, от Вас нет никаких данных, на виртуализацию (VMWARE HYPERV), закладывайте 5%.
2. Выше написал.
3. не хочу отвечать, красиво не получается сформулировать мысль.
4. l5639 - 4858, e5-2430 - 7288, e3-1220 - 7022, где тут 10%?
http://www.cpubenchmark.net/compare.php?cmp[]=1983... Аргументов много, я привел только один.
NB! не забывайте о стоимости софта.
Может к "интегратору" обратиться?