По моему ответ тут уже был:
необходимо определиться со стоимостью в час. В зависимости от пожелания клиента выдаёшь ему или её, или стоимость работы(предполагаемое время (ч) * р./ч).
И в зависимости от договорённости дополнительное время или оплачивается по такому-то тарифу или сам виноват что сроки срываешь...
Посмотри для примера прайс конторы "по компьютерам". У них обычно услуги как раз делятся на "разовые" - с прогнозируемой длительностью выполнения, и на повременные - те, что зависят от разных факторов.