Если на серверах поставите windows, то схема следующая:
1. Создаете шару на сервере в Москве (где лежат документы Москвы).
2. Создаете шару на сервере в Барнауле (где лежат документы Барнаула).
3. Шары добавляете в пространство DFS, его мапите клиентам как сетевой диск.
По линуксу.
1. Схема та-же, но вместо DFS используем NFS (но с виндой тормознуто будет, не очень клиент nfs в винде).
2. Используем DFS в SAMBA, пусть меня поправят, вроде есть возможность создания стандэлон корня дфс.
P.S. Скорость открытия удаленных файлов будет ограничена скоростью подключения.
Если есть доменная структура, лучше использовать на серверах windows.
