zuborg

посмотрите ещё на Percona XtraBackup, может пригодится

Может сделать триггер на insert на основную таблицу, который будет копировать строку в архивную таблицу. delete соотв оставлять без внимания. update/replace — смотрите сами.
Основные запросы делать на основную таблицу, а для отчетов — на архивную.