У меня впечатление того, что вы не совсем понимаете, что такое NPM и Node.js.
Для начала нужно разобраться с понятиями клиента и сервера. Клиент - это браузер, сервер - то, откуда клиент получает ресурсы. Ресурсы - это html, css, js (созданный для выполнения на клиенте).
Node.js - это реализация движка Javascript (того самого, который в бразуере), но с применением его на стороне сервера.
Javascript - это просто язык программирования, но код, написанный на нем, может выполняться в разных средах, т.е. на стороне сервера (node) или на стороне клиента (браузер). Этот код очень похож, но имеет некоторые отличия.
npm - это пакетный менеджер, упрощенно его задача скачивать архив с кодом и распаковывать в node_modules.
Когда вы запускаете app.js, то вы запускаете процесс Node, который интерпретирует файл app.js и выполняет инструкции написанные в нем. В вашем случае эти инструкции говорят - запусти сервер и начни слушать порт 80, отдай нужный контент по запросу. Т.е. app.js файл написан для того, чтобы быть интерпретирован движком Node, а не движком браузера.
Когда вы подключаете app.js внутрь страницы, то движок браузера не понимает, что делать с этим файлом, т.к. в нем отсутствует поддержка серверного движка. Поэтому вы и видите ошибку.
По умолчанию npm пакеты сделаны для работы с Node.js движком. Для того, чтобы их содержимое можно было правильно использовать на стороне клиента, придумали различные ухищрения - сборщики. Их задача адаптировать Node.js код для выполнения на стороне клиента. Попутно они делают еще много чего, например разного рода оптимизации и т.д.
В вашем случае нужно использовать наиболее популярные сборщики - webpack подойдет для старта.
npm - отличный инструмент для быстрой установки зависимостей, библиотек и т.д. Но им нужно научиться пользоваться. Есть еще
nvm - управление версиями Node.js, тоже надо.
Дам вам совет - посмотрите
https://learn.javascript.ru/screencast/nodejs и разберитесь, что и в каком контексте выполняется. Там же вы найдете пояснения по поводу npm.
Советую пройти
https://ru.hexlet.io/courses/js-setup-environment (это бесплатно).
И это под конец
https://learn.javascript.ru/screencast/webpack
Не торопитесь, вам необходимы базовые знания, потратьте недельку другую на разбор технологий и не будет возникать глупых вопросов.