Конфигурацию нужно хранить в VCS, например на том же github или gitlab. Лично я бы рекомендовал GitHub, если ваш проект не подпадает под гос.тайну или не является системой управления ядерным реактором. В остальных случаях код можно хранить на GitHub. Даже Microsoft хранит свой код на нем.
Для хранения ключей и т.д. нужно использовать решения вроде
Vault.