1) Чем не устраивает SSH и запуск mc?
2) Если уж прям совсем хочется через веб, то можно посмотреть в сторону веб-шеллов.
3) Но нагугливается специальный софт для этого:
phpfm.sourceforge.net
4) Не забудь закрыть директорию со скриптами с помощью htpasswd ;)
Удачи.