Почему не удается авторизоваться на сервере по ключу?

А если явно указать ключ?
ssh -i ./id_rsa root@ip

И не забывайте про права:
chmod 600 ./id_rsa

Заодно давайте попробуем посмотреть -vvv

Убрать не нужные элементы списка?

list.remove(i) - Имейте в виду, что он не удаляет все вхождения вашего элемента. Только первый

>>> a = ['a', 'b', 'c', 'd', 'b']
>>> a.remove('b')
>>> a
['a', 'c', 'd', 'b']

Почему не открывается tkinter библиотека?

apt install python-tk