Я юзал Navicat в Wine. За исключением мигания экрана при старте — отличная штука. Особенно радует режим Data Transfer для синхронизации серваков. В случае каких-либо гейзенбагов, за несколько минут актуализирует локальную БД. А по мелочи — юзаю phpmyadmin.