zizop

Я юзал Navicat в Wine. За исключением мигания экрана при старте — отличная штука. Особенно радует режим Data Transfer для синхронизации серваков. В случае каких-либо гейзенбагов, за несколько минут актуализирует локальную БД. А по мелочи — юзаю phpmyadmin.

Недавно вышла книжка "SQL и реляционная теория. Как грамотно писать код на SQL". В плане теоретической подготовки, имхо одна из лучших.

Юзаем Doctrine + собственные расширения для неё. Довольный как удав) Про тормоза, так это неизбежно. За удобство надо платить. Но можно хорошо ускорить веб-приложения юзая каэирование запрсов и кэширование выборок.

Вот на этом ресурсе есть много интересных статей:
highload.com.ua/

На 1gb имхо можно на VPS использовать внешний MySQL сервер хостинга. Работает он быстро, рекомендую использовать именно его.
Пробовал, ситуация иногда также повторяется.

А может тогда дело не в MySQL-сервере. Вы писали, что на локальной машине проблем нет.
Вы выполняете запросы из консоли MySQL или используете какую-либо бибилиотеку (libmysql, pdo)?