1. Да, если планируется сторонний доступ. Потом будет проще.
2. Ну только если вы гонитесь за модой типа «MySQL уже не торт». А так есть замечательная штука — HandlerSocket. Юзайте его, делайте сразу денормализованную БД, запросы по PK, никаких jOINов и будет вам счастье)
3. Ну единственная сложность в том, что защиту надо писать. HS принимает запросы без проверки доступа, поэтому нужно разрешать их только с локальной машины. А всю систему защиты реализовывать в php.
P.S. Я бы посоветовал вам использовать REST архитектуру для доступа к БД в php.