use git modules (:
www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/gitmodules.html

во втором случае примерно так:
git branch temp hashOfC
git checkout other
git rebase temp

в первом случае смотрите на interactive rebase: git rebase -i
позволяет вносить изменения в прошлые коммиты, объядинять их или пропускать