Нашел ответ :)
Html с шорткодом надо выводить через do_shortcode()

echo do_shortcode( '<div class="contact-us2"><a href="#contact_form_pop_up" class="fancybox-inline">Узнать цену</a></div> <div style="display:none" class="fancybox-hidden"> <div id="contact_form_pop_up"> [contact-form-7 id="13297" title="Узнать цену"] </div> </div>' );