Возможно в вашем случае лучше сделать маппинг, а не хранить все через запятую.
Это плохое решение, но может поможет:
SELECT *, COUNT(*) AS count FROM (
SELECT * FROM `table` WHERE `value` LIKE "%one%"
UNION ALL
SELECT * FROM `table` WHERE `value` LIKE "%two%"
) AS t
GROUP BY t.id
ORDER BY count DESC
