Вопрос уже старый, но отвечу.
У меня была похожая проблема и прикол в том, что плавное появление при открытии страницы заработало только тогда, когда я css перетащил в head, а скрипт с инициализацией вниз. При этом плавное появление при прокрутке прекрасно работало.