Ребят, я ошибался с путями к репозиторию(что и неудивительно исходя из ошибки). Чтобы вы не повторяли моих ошибок, я советую после подключения по ssh в вашем сайте исполнять pwd. Результат указываем в хуках и при добавлении в remote add.
Пару ссылок на которые основывался:
ruhighload.com/post/Git+%D0%B4%D0%BB%D1%8F+%D1%80%...toroid.org/git-website-howtoru.stackoverflow.com/questions/428483/%D0%9D%D0%B0...