Работает криво из-за того, что верставший человек плохо разобрался в бутстрапе.
Вам нужно ваш DOM:
div.container > div.row > ul{.nav|.nav-pills....}
поменять на:

nav.navbar > { div.header | [ div.collapse > ul.nav ] }

см. bootstrap navbar
И уже после этого применять ваши стили, иначе collapse у вас работать не будет, да и отзывчивость меню будет под вопросом.