zendor

.eyes {
  background-image: url(img/Icon/eye-opened.png);
}

.eyes-closed {
  background-image: url(img/Icon/eye-closed.png);
}

$(document).ready(function() {
  $('.eyes').click(function() {
    $(this).toggleClass('eyes-closed');
  });
});

В вашем примере ошибка: вы вызываете функцию focusInput2 в addEventListener вместо того чтобы передать ссылку на нее и она вызывает alert сразу же и возвращает undefined в addEventListener.

const input = document.getElementById('input2');
input.addEventListener('focus', function() {
  console.log('focus 2');
});

UPD: исправил, совсем забыл что id обязательно должен начинаться с буквы.

let id = 1;

$('.button').click(function() {
  const node = $('.project').clone()[0];
  node.id = `id${id++}`;
  $(node).appendTo('body');
});

Если нужно чтобы id был вида 'id001' тогда:

function pad(v) {
  return 'id' + ('00' + v).slice(-3);
}

let id = 1;

$('.button').click(function() {
  const node = $('.project').clone()[0];
  node.id = pad(id++);
  $(node).appendTo('body');
});

UPD: исправил.

class Main {
  constructor(el) {
    this.el = el;
    this.startDate = false;
  }
  init() {
    if (this.el) this.el.addEventListener('click', this.onClickPrimaryEl.bind(this));
  }
  onClickPrimaryEl() {
    const currentDate = Date.now();
    if (this.startDate && (currentDate - this.startDate > 900000)) {

    } else {

    }
    this.startDate = currentDate;
  }
}

Скорее всего вам нужен setTimeout().

var timer1;
var timer2;

function timer1Func() {
  timer1 = setTimeout(function() {
    console.log('1st timer fired');
    timer2Func();
  }, 4000);
}
  
function timer2Func() {
  timer2 = setTimeout(function() { 
    console.log('2nd timer fired');
    timer1Func(); // Если не нужна цикличность, то удалите эту строчку.
  }, 2000);
}

timer1Func();

Тут две ошибки. Во первых нет закрывающей фигурной скобки у функции, а во вторых это асинхронный запрос, поэтому в вас в data //undefined на момент вызова document.write().

document.querySelector('.OverLink > a').href = '#';