Я так понимаю задача стоит в том что бы товар отображался в двух разделах одновременно при обмене с 1с.
Тогда надо по мимо дерево групп в 1с, на сайте выставлять у каждого товара. В настройках товара в вкладке разделы зажми CTRL и выбери нужные разделы.
