zealous

пост старый - но интересный
вдруг кому пригодится
вот более быстрое решение чем у Дмитрий. в первом ответе
можно добавить в тесты из первого ответа от Дмитрий - будете приятно удивлены

function test4( list ) {
  var map = {}, node, roots = [], i;

  for (i = 0; i < list.length; i += 1) {
    map[list[i].id] = i; 
    list[i].children = []; 
  }

  for (i = 0; i < list.length; i += 1) {
    node = list[i];
    if (node.parent) {
      list[map[node.parent]].children.push(node);
    } else {
      roots.push(node);
    }
  }
  return roots;
}

вот тут добавлен этот вариант https://jsfiddle.net/zteogkuL/
------------------------
Размер:1000, повторить:100 раз
Somewhere Intech: 563.821044921875 ms
Bavashi: 614.713134765625 ms
Дмитрий: 241.9619140625 ms
--fast--: 3.85009765625 ms
------------------------
Размер:2000, повторить:50 раз
Somewhere Intech: 1106.697021484375 ms
Bavashi: 1223.849853515625 ms
Дмитрий: 154.4228515625 ms
--fast--: 3.881103515625 ms
------------------------
Размер:5000, повторить:20 раз
Somewhere Intech: 2736.092041015625 ms
Bavashi: 3024.505859375 ms
Дмитрий: 120.299072265625 ms
--fast--: 4.150146484375 ms
------------------------