Проблема решилась.
Методом тыка и переборкой выяснилось, что если сервер работает на FreeBSD, а параметр bind-address в my.cnf не указан, то возникает описанная выше ситуация. Ежели указать bind-address - все работает быстро, и процедура также отрабатывает за 1мс. При этом, на Ubuntu server или debian при отсутствии данного параметра сей баг не наблюдается.
