Для гит-репозиториев можно настроить gitgutter, но, лично я большого смысла в этом не вижу. Сам работаю уже довольно давно с ST2/3. По моему опыту - всё что работало на ST2 без проблем завелось и на ST3, хотя официально плагины поддержку ST3 не имели.
Я с репозиториями работаю через терминал, там быстрее и понятнее для меня. А ST - просто удобный и функциональный текстовый редактор.
настройки ссылки на свой аккаунт и пароль
Можно подробнее про этот момент? Что именно вы хотите сделать? Если у вас проблемы с авторизацией на репе, то вы в неправильном направлении копаете.