Там все уже есть родное, учите матчасть.
System.Data.DataTable, System.Data.DataView, System.Data.DataSet.
DataTable должен подойти, можно сделать выборку по фильтру, сериализовать все в XML и положить в файлик, ну и обратно потом считать.

System.Data.DataTable.Select(String, String), msdn.microsoft.com/ru-ru/library/way3dy9w
Если что-то навороченное с сортировкой, пользуйте DataView.

Если не нравится DataTable и хотите данные в виде дерева, то пользуйте System.Xml.XmlDocument, в нем можно сделать выборку данных через XPath.

В общем, в системе уже практически все есть для работы с данными.

Webservice тоже может быть сойдет — проблем с разными платформами тут точно не будет, объекты прозрачно сериализуются в понятный глазу XML.
Но, нужно смотреть ваш протокол обмена — все-таки webservice не заточен под непрерывное удержание канала связи с клиентом.
По масштабированию, если все-таки будет тормозить фронт — просто поставите несколько серверов.
А Mono вам зачем — на лицензии Windows сэкономить?