Преждевременная оптимизация почти всегда вредит, если монга, то да раздельно хранить, но нужны индексы иначе будет долго. Существуют bulk и aggregate запросы для того что бы не порождать кучу запросов. Для работы с теги можно использовать $push и $pull что бы добавлять/удалять теги по одному.
