Вам нужно научится смотреть логи( Гугл: ubuntu как смотреть логи). Ну или сразу гуглите: ubuntu 16 МОДЕЛЬВАШЕЙМЫШИ. Скорее всего кто то с какой проблемой уже сталкивался и решал.
Можно поставить перед нодой web сервер, допустим nginx, настроить в нем обработку запросов с нужного домена и дальнейшее проксирование этих запросов на порт ноды. Примеры конфигурации nginx + nodejs можно погуглить.
