В настройках домена, укажите alias: *.your-domain.com чтобы все запросы на поддомены отправлялись на сам сайт.
Используйте перезапись ссылок. Вам необходимо найти, slug таксономии в качестве поддомена. Затем найти саму таксономию и выполнить к ней запрос.
В идеале по ссылке вида http://my_cat.your-domain.com/ будет срабатывать запрос http://your-domain.com/category/my_cat/
