Проблема тут в API Telegram, я тоже наткнулся на неё, и с радостью поделюсь с вами её решением (хоть и поздновато).

Нам понадобится библиотека emoji из pip, чтобы посчитать количество эмодзи в тексте, нужно вызвать функцию emoji.emoji_count.

Вот пример кода с фиксом этой проблемы:

import emoji
from telethon.tl.types import MessageEntityBold

message_text = "Hi!"
emojis = emoji.emoji_count(message_text)

text_with_emoji = len(message_text) + emojis

entities = [MessageEntityBold(offset=0, length=text_with_emoji)]

Так же хочу отметить что лучше использовать опцию parse_mode=HTML, но в некоторых функциях API Telegram ее попросту нет, например в той что нужна была мне, а именно EditInlineBotMessage