Wp_Query можно передавать параметр meta_query. Таким образом вы получаете фильтр по вашим кастомным полям с любой вложенностью . Пример:$posts = get_posts(array(
'numberposts' => -1,
'post_type' => 'post',
'meta_query' => array(
'relation' => 'AND',
array(
'key' => 'color',
'value' => array('red', 'orange'),
'compare' => 'IN',
),
array(
'key' => 'featured',
'value' => '1',
'compare' => '=',
),
),
));