Добавить в один php.ini файл данные из другого нельзя. Так же то, что ты придумал опцию
config_file
никак тебе не поможет.
Начни с чтения вот этого документа
https://www.php.net/manual/ru/configuration.file.p...
Так же можно, как ты уже делал, использовать конструкцию
fastcgi_param PHP_VALUE ""
для каждой нужной опции в конфиге nginx.