У тебя два конфига. Причем один обращается к php-файлам проекта минуя контейнер.
Есть два варианта
1) Убрать конфиг nginx снаружи контейнера, сделать что бы конфиг внутри контейнера принимал запросы на 80/443 порт
2) Сделать с внешнего nginx проксирование всех запросов в nginx-контейнера.
