Евгений

вариантов - миллион.
самые простые заключаются в использовании функционала планировщика задач, которым вы по расписанию запускаете ваш скрипт.
В стандартном планировщике windows : в параметрах можно настроить "если задача уже выполняется : не запускать новый экземпляр"

Так же, поведение при запуске скрипта можно контролировать проверкой на уже запущенный процесс с данной командной строкой

Или же доработать скрипт, для создания файла блокировки.
P.S. мой ответ по большей части дублирует ответ пользователя Владимир Мартьянов, поэтому, поставлю я ему лайк :D

Длинный но однострочный PowerShell

Foreach ($i in (Get-ChildItem D:\test\*.txt)) {(Get-Content $i) -replace "pattern1","" -replace "pattern2","pattern3" | Out-File D:\test\out.txt -Append}

D:\test - папка в которой лежат файлы
*.txt - маска файла
D:\test\out.txt - общий склеенный файл после всех правок