Не надо ToList() делать, этот метод делает новый список, при этом изменения в сущностях не отслеживаются EF.
var result = context.Users.Include(...).Where(...);
foreach(User u in result)
{
u.Name="Domain\\"+Name;
}
await context.SaveChangesAsync();
ToList() лучше использовать, если вам необходимо кешировать последовательность, например если вам надо пройти по коллекции и удалить некоторые данные, при этом foreach выкинет исключение, что последовательность изменена.