app.Run(async (context) =>
{
await context.Response.WriteAsync("Hello World!!");
});
А вот это зачем? Из VS проект хостится на IIS Express и возможно он нормально статику вам отдает, из под консоли получается self hosted, и срабатывает выражение выше, которое переписывает весь ответ сервера. Уберите его.