Редактирование содержимого PDF - только через платные программы. Можно использовать родную от Adobe Acrobat, но она неудобная. ИМХО лучший вариант
PDF-XChange Editor. Покупать или скачивать на сторонних ресурсах - решать вам.
Редактирование, добавление комментариев к PDF - это умеют многие бесплатные программы, например
Foxit Reader,
PDF-XChange Viewer, последний опять же удобнее в работе.
Кстати, редакторы PDF конечно умеют редактировать и комментарии.