Является ли опыт работы в гос. организации плохим знаком в резюме?

Потому что подобные организации не участвуют в конкурентной борьбе с себе подобными. Соответственно, к решениям, разработанным данными организациями, вероятно предъявляются более низкие требования со стороны заказчика.
Поэтому кажется, что потенциальный работодатель будет отсеивать кандидатов, руководствуясь подобной логикой.