xz-xz-2011

Первый вариант -- просто сделать это:

std::erase(
	std::remove_if(myVec.begin(), myVec.end(), 
		[&newVec](const A &a)
		{
			return std::find_if(newVec.begin(), newVec.end(), [&a](const A &newA){ return a.id ==  newA.id; }) == newVec.end();
		}),
	myVec.end());

Для упрощения можно перегрузить оператор == для A так, чтобы он сравнивал id:

struct A
{
	//...
	bool operator==(const A &other) const
	{
		return a.id == other.id;
	}
	//...
};

std::erase(
	std::remove_if(myVec.begin(), myVec.end(), 
		[&newVec](const A &a)
		{
			return std::find(newVec.begin(), newVec.end(), a) == newVec.end();
		}),
	myVec.end());

Эти решения будут пробегать по всем элементам из newVec для каждого элемента в myVec. Уже при размере в 1000 элементов для каждого, надо будет сделать 1 000 000 сравнений. ВЫход -- использовать set или unordered_set:

namespace std
{
	//для unordered_set
	template<>
	struct hash<A>
	{
		std::size_t operator()(const A &a)
		{
			return std::hash<int>()(a.id);
		}
	}

	//для std::set
	template<>
	struct less<A>
	{
		bool operator()(const A &lha, const A &rha)
		{
			return lha.id < rha.id;
		}
	}
}

std::unordered_set<A> newSet;
//std::set<A> newSet

newSet.insert(a);
newSet.insert(b);
newSet.insert(d);

std::erase(
	std::remove_if(myVec.begin(), myVec.end(), 
		[&newSet](const A &a)
		{
			return newSet.find(a) == newSet.end();
		}),
	myVec.end());