В случае Spring Boot JPA вам не нужно создавать реализацию интерфейса репозитория. Достаточно написать интерфейс - реализацию спринг создаст сам.
Если же хочется сделать руками - то да, 4 интерфейса, 4 реализации. У реализаций может быть общий абстрактный предок, в который будет вынесен общий для всех реализаций код (тут generic-и в помощь).
Вообще, если следовать принципам чистой архитектуры, то интерфейсы репозиториев должны относиться к модулю бизнес-логики, а реализации - к модулю системы хранения. Тогда, простой заменой одного модуля хранения на другой можно добиться "бесплатной" подмены всех реализаций (потому что на практике обычно не бывает такого, что часть сущностей в файлах, часть в БД, часть в сетевом хранилище - как правило все в каком-то одном хранилище находится)
