Как выбрать документы по конкретной категории с аггрегированием?

А как в случае с массивом сделать аггрегацию с подсчётом аукционов в выбранных категориях?

Как выбрать документы по конкретной категории с аггрегированием?

Изначально в виде массива и хранили. Потом появилось требование сделать аггрегацию для подсчёта аукционов в каждой категории, а с массивом аггрегации не работали (по крайней мере с первоначальным вариантом), поэтому переделали в массив.

Почему индекс Elasticsearch не заполняется данными?

Вы правы, в этом и была проблема. Сейчас поиск по индексу выдаёт результат.