1. Если есть opcache, то xcache, в общем-то, не нужен.
2. У вас есть /var/log/php-fpm.log.slow --- там можно увидеть какие запросы являются медленными. Возьмите топ-5 самых медленных запросов и профилируйте код, чтобы увидеть что именно там тормозит. Воспользуйтесь функцией
php.net/manual/function.getrusage.php --- она покажет использование ресурсов процессом. Это дело можно логировать и строить графики. Таким образом найдёте того "гадёныша", который грузит процессор.
UPD.
Без профилирования и детальных логов невозможно сказать где именно находится проблема.