В пакете phpmyadmin для управления конфигурацией действительно используется debconf, как уже заметили выше. Если вы скачаете пакет, откроете его архиватором или с помощью mc, то в директории DEBIAN вы найдёте файл templates. В этом файле содержится описание переменных, их типов и возможных значений. Значения этих переменных задаются в процессе установки пакета и затем сохраняются в директории /var/cache/debconf. Далее эти значения могут быть получены с помощью db_get (обычно это происходит в скрипте postinst).
Подробнее:
https://www.debian.org/doc/packaging-manuals/debco...
https://www.debian.org/doc/manuals/developers-refe... 
