В гугл search console можно добавить сайт с гитхаб пэйджс форматом user.github.io/site/
А вот чтобы яндекс вебмастер подтвердить права - нужно создать новый общедоступный репозиторий с именем username.github.io, где username - ваше имя пользователя (или название организации) на GitHub.
Потому что яндекс вебмастер только воспринимает user.github.io. В общем у меня получилось подтвердить права в яндекс вебмастере.