А после блокировки программных кликов - от мышки клики работают?
Если да - то нужно понять, чем отличаются события которые ты посылаешь в программу от событий которые генерить система. Я не особо разбираюсь в WinAPI но сдается мне, что где-то в событии должен быть идентификатор устройства. Есть еще вариант, что античит сравнивает пришетшие события с каким-нибудь GetMouseState - в котором реально ничего не меняется и по этим признакам определяет, что тут что-то не чисто (этим кстати можно объяснить и то что не всегда через одно и тоже количество кликов блокируется ввод и что перезапуск иногда помогает). Тогда надо поискать возможность как изменять и этот стэйт.