xIICUX

Возможно ошибка тут:
message.member.roles.set(mainRole.id);

Если вы хотите добавить роль пользователю ...roles.add(roleID)
Если убрать - ...roles.remove(roleID)

https://restarter.mattcowley.co.uk/docs/#channelreacts
Документация по вашему боту, кажется, он этого не может.

Если не хотите сильно запариваться с программированием кастомного бота, можете поставить yagpdb
И создать кастомную команду примерно такого вида:
Trigger type: Reaction ( Added reactions only )
Response:

{{ $Msg:= getMessage .Reaction.ChannelID .Reaction.MessageID }}
{{ if eq $Msg.Author.ID .Reaction.UserID }}    
    {{ deleteTrigger 0 }}
{{ end }}

Only run in the following channels: (выберите ваш канал)

Можно сделать так, протестировал, вроде работает, ботов не захватывает
( внимание, проверки писал на скорую руку и я вообще сам почти новичок )

function СhCounter( guild, ChCounter, UpdateTime = 10000 ) { 
// guild - Объект гильдии, ChCounter - Объект канала в этой гильдии, UpdateTime - обновлять каждые N ms

   if ( !guild || !ChCounter || UpdateTime < 1000 ) return 0; // Проверка на валидность

   const Users = guild.members.cache.filter(m => m.user.bot === false) //Все юзеры
   const OnlineCount = Users.filter(m => m.presence.status != 'offline').size //Число юзеров онлайн
    
   ChCounter.setName(`${OnlineCount} / ${Users.size} online members`); // Меняем название канала
   setTimeout( СhCounter, UpdateTime, guild, ChCounter, UpdateTime ); // Вызываем повторно через UpdateTime ms

}

Потом просто вызываете функцию и сообщаете ей нужные параметры
( например, во время инициализации бота )

//Токен уже введёт, логин произведён

const couterConfig = {
   guildID: "YOU GUILD ID",
   chID: "YOU CHANNEL ID"
}

client.on("ready", () => {

   test_GUILD = client.guilds.cache.get(couterConfig.guildID);
   if (!test_GUILD ) return console.log("Не могу найти гильдию для подсчёта") // Проверочка валидности
   test_Channel = test_GUILD.channels.cache.get(couterConfig.chID);
   if (!test_GUILD ) return console.log("Не могу найти канал для подсчёта") // Проверочка валидности
   
   console.log("Начинаю считать");
   СhCounter(test_GUILD, test_Channel, 5000); // Вызов ф-и
   
}