Посмотрите нагрузку, потом выясните какой процесс(ы) грузит, а потом уже ищите виновника.
Вообще-то об этом изначально надо задумываться и реализовывать систему мониторинга.
если сайты под разными юзерами работают, то по процессу будет видно (чей он), если под одним, тогда уже смотреть логи.
