Гугл знает все:
Идём по адресу [HKEY_USERS\.DEFAULT\Keyboard Layout\Preload], и видим там в каком порядке переключается раскладка в окне логона, и меняем на то что нам надо. В случае с двумя установленными языками, русским и английским, всё должно выглядеть так:
«1»=«00000409» — Английская (США), основная
«2»=«00000419» — Русская, дополнительная
Если охота поменять сочетание клавиш, которые переключают раскладку, то и это можно сделать. Для этого идём по адресу [HKEY_USERS\.DEFAULT\Keyboard Layout\Toggle], и редактируем ключ Hotkey. Когда он имеет значение 1, язык переключается через левые Alt+Shift, когда 2, то через левые Crtl+Shift.